Gellir olrhain hanes am addoldy annibynnol ar safle bresennol Capel Nonni mor gynnar ag 1810 ac fe’i gelwid bryd hynny’n Gapel Maesnonni a chyn hynny’n Gapel Maesnone yn ôl y cofnodion cynharaf.
Codwyd yr adeilad presennol yn 1838 a’i adnewyddu’n llwyr yn ystod 1962-63. Yn nyddiaduron Howel Harris (1714-73) ceir sôn am ymweliadau a chyfarfodydd pregethu ym Maesnonni rhwng 1744 a 1762 pan oedd Harris yn ymweld â’r plwyf ac â Maesnonni’n benodol, yng nghwmni Daniel Rowland, y diwygiwr o Langeitho a William Williams, Pantycelyn, y pêr ganiedydd